Die Gemeinde San Juan del Sur verfügt über zwei von der japanischen Entwicklungszusammenarbeit zur Verfügung gestellte Müll-LKW und eine kommunale Müllkippe, auf der der Müll aus dem urbanen Hauptort entsorgt wird. Im ländlichen Bereich der Gemeinde findet keine Müllentsorgung statt. Der Ort anfallende Müll wird verbrannt oder in der Regenzeit über die Flüsse „entsorgt“.