Auf Grund der Lebensraumveränderungen und durch Bejagung sind die ursprünglich in dem Gebiet vorhandenen Wildtierarten sowohl qualitativ als auch quantitativ stark reduziert worden.

Noch relativ häufig anzutreffende Säugtierarten sind Brüllaffen, Stinktiere (sog. zorillos) und Fledermäuse. Darüber hinaus gibt es zahlreiche Vogelarten, wie z.B. Pelikane, Kolibris und Tukane. Weiterhin kommen mehrere Reptilien- und Amphibienarten vor, darunter die giftigen Korall- und Klapperschlangen.

Eine absolute Besonderheit stellen die Meeresschildkröten dar, die jedes Jahr zu Tausenden an den ca. 20 km südlich des Hauptortes San Juan del Sur gelegenen Strand „La Flor” kommen, um dort ihre Eier abzulegen. Dabei kann es zu nächtlichen Massenankünften (sog. arribadas) von bis zu 6000 Schildröten kommen.

Neben der Pazifischen Bastardschildkröte (tortuga paslama) kommen die Unechte Karettschildkröte (tortuga tora) und die Lederschildkröte (tortuga laúd), die über 1,50 Länge erreichen kann, zur Eiablage nach La Flor.

Obwohl der Strand inzwischen als Schutzgebiet ausgewiesen ist und von der Umweltbehörde sowie dem Militär bewacht wird, sind die Schildkröten weiterhin durch den immer wieder stattfindenden Raub von Schildkröteneiern bedroht, die in Nicaragua als Delikatesse und Potenzmittel gelten und für die daher hohe Preise zu erzielen sind.

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