Das Klima in San Juan del Sur ist tropischwechselfeucht mit einer Trockenzeit zwischen November und April. Die Jahresdurchschnittstemperatur liegt bei 27-28 °C. In den Monaten Dezember und Januar kann die Temperatur in den höheren Lagen nachts bis auf 13 °C absinken. Maximal erreichen die Temperaturen 35 °C (CEURA, 2002). Die durchschnittlichen Niederschläge liegen bei 1025 mm/Jahr. Sie sind ungleichmäßig über das Jahr verteilt: Der Großteil der Niederschläge fällt in der Regenzeit zwischen Mai und Oktober, während es in der Trockenzeit kaum regnet.

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