Der gleichnamige Hauptort der Gemeinde liegt im Nordwesten der Gemeinde in einer halbmondförmigen Bucht direkt an der Küste. Seine Entfernung zur Hauptstadt Managua beträgt rund 140 km. Bezüglich der Geländehöhe erstreckt sich das Gemeindegebiet zwischen Meereshöhe und 455 m über NN. Der Hauptort San Juan del Sur liegt auf 3,5 m über NN. Die höchsten Erhebungen des Gemeindegebietes sind der Cerro La Moca (455 m über NN, 1493 Fuß) im Südosten und der Cerro La Cuesta (435 m über NN, 1427 Fuß) nordöstlich des Hauptortes.

                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               Im Gemeindegebiet befinden sich sieben größere, relativ kurze Flüsse, die allerdings nur periodisch Wasser führen und in der Trockenzeit fast vollständig trocken fallen. Sie entspringen im hügligen Hinterland San Juan del Sur und münden direkt in den Pazifik.
An der landschaftlich sehr schönen Küste wechseln sich felsige Steilbereiche und Buchten mit Sand- und Kiesstränden ab. Insgesamt befinden sich an der knapp 57 km langen Küste über 40 Strände mit einer Gesamtlänge von rund 20 km. Diese stellen einen bedeutenden touristischen Anziehungspunkt dar.

                                                                                                                    weiter